白莲教徒接下满清大臣纳兰元述(甄子丹 饰)所下的对付革命党人的命令后,在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆期间,在干粮和纯净水快要用完的时候,陈源出去买了两次,这两次出去,因为进出的路线已经熟悉了。所以比来的时候快多了,两天时间就出去了,回来的时候也只用了两天时间。、教堂等地盘,甚至连小学生也不放过,他们的举动令黄飞鸿(李连杰 饰)、十三姨(关之琳 饰)与梁宽(莫少聪 饰)异常气愤。
在某个医学会议上,黄飞鸿与革命党领袖孙文(张铁林 饰)一见如故,发现革命党人对救国更具远见时,他决定帮助革命党人逃过厄运。随后,他直捣白莲教总坛决胜九宫真人,揭开迷信假像,又因奋慨国运衰竭民智末开,不惜与纳兰元述决一死战。